Poco antes de las 5 de la mañana los terroristas entran en la zona de habitaciones de la delegación israelí ayudados por diversos deportistas de EEUU que se creen que son otros deportistas que venían tarde de una noche de juerga. Descubiertos casi en el primer por un entrenador de la delegación israelí, tienen que disparar contra él matándolo lo que facilita que gran parte de los atletas logran hui, en el primer momento, cuando los terroristas asesinan al entrenador del equipo de lucha y a un deportista de halterofilia despertándose por el ruido de los disparos que logran que la inmensa mayoría de atletas puedan huir.
En solo dos horas se despliegan unos 12.000 policías en la zona con 25 tiradores de alta precisión para evitar una masacre pues los terroristas se llevan secuestrados al menos a 9 deportistas de Israel. La seguridad hasta ese momento en los Juegos Olímpicos de Munich había sido baja, para evitar que se asemejara a Alemania con un país duro y férreo.
El especialista en lucha antiterrorista Georg Sieber elaboró un documento con 27 posibles escenarios de ataque terrorista y el núemro 21 reflejaba exactamente lo que sucedió, un asalto de madrugada a las habitaciones de una delegación para coger rehenes y el intento de salida de Alemania en un avión.
Los terroristas plantean una reivindicaciones contundentes. la liberación de 234 palestinos presos en Israel y la liberación de los fundadores de la Fracción del Ejército Rojo, Andreas Baader y Ulrike Meinhof, encarcelados en Alemania, antes de las 9 de la mañana o matarían a un rehén cada hora y negociaciones directas con Alemania para proporcionarles un sistema de transporte que los lleve a una ciudad árabe. El propio Ministro del Interior alemán logró con su presencia que se ampliara el tiempo hasta las 12 de la mañana. No se logró cambiar a los presos en Israel por una importante cantidad de dinero.
A partir de ese hora se logra engañar en un primer momento a los terroristas diciéndoles que Israel iba a ceder (algo que ya dejó muy claramente Israel como imposible) y se logra alargar el periodo de tregua hasta media tarde. Se contacta con diversos dirigentes de países árabes para tantear la opción de que los dejen entrar en sus países, pero tampoco ningún dirigente árabe es favorable a esa opción.
Durante toda la tarde se plantean las negociaciones donde Israel desde el primer momento advierte que ellos nunca soltarán a sus presos. Los terroristas solicitan en segunda opción helicópteros militares que les son enviados, para poder sacar a los rehenes de la Ciudad Olímpica ante la negativa de todos los pilotos civiles para ofrecerse voluntario a navegar un avión de compañías privadas. Tampoco policías capaces de pilotar un avión comercial quisieron jugarse esa carta en el interior del avión, disfrazados de pilotos comerciales.
A las 10 y media de la noche tres helicópteros salen de la Villa Olímpica con los terroristas y rehenes hacia la base militar alemana de Fuerstenfelbruck. En el interior van también oficiales militares del ejército alemán. Dos helicópteros iban con los terroristas y rehenes y un tercero iba detrás y sin ser detectado con policías de élite alemanes.
Una hora más tarde los helicópteros aterrizan en la base en total oscuridad, y en donde tiradores de élite están agazapados para poder disparar a los terroristas. Les espera un avión con el que los terroristas pensaban ir a El Cairo, pero está sin pilotos pues han votado entre ellos no ir con los terroristas, y en una inspección los propios terroristas descubren que aquello no es lo prometido y estaban siendo engañados.
En un instante se encienden todas las luces del aeródromo y se lanzan bengalas para deslumbrar mientras los policías alemanas empiezas a disparar matando a dos terroristas en el primer momento. En ese momento los terroristas vuelven sus armas hacia los rehenes y empiezan a disparar contra ellos, lanzando granadas contra el interior de alguno de los helicópteros.
La policía mata en total a 5 terroristas y detiene a otros 3. Y mueren también los 9 atletas de Israel secuestrados y un policía alemán. En total 17 víctimas que se deberían haber evitado. Defendiendo mejor la Villa Olímpica pues se sospechaba de que “algo” podría suceder, y actuando de otra manera tras el secuestro.
Los secuestrados detenidos fueron liberados 53 días después tras el secuestro de un avión alemán, e Israel en represalia bombardeó meses después territorios dominados por la OLP o mató a 14 dirigentes que Israel sospechaba habían participado en el ataque terrorista, algunos no tenían nada que ver ni con Palestina. Más y más muertos alentados por los odios y el terrorismo.